Data urodzin błogosławionego Jana nie jest znana. Wiadomo natomiast, że przyszedł na świat w Łobdowie koło Brodnicy, na Ziemi Chełmińskiej, która w momencie jego narodzin najprawdopodobniej była jeszcze w rękach księcia polskiego Konrada Mazowieckiego. Już za życia Jana z Łobdowa, książę tę ziemię oddał w użytkowanie bez praw suwerennych Zakonowi Krzyżackiemu (1226 r.).

Jan pochodził z mieszczańskiej rodziny. Do zakonu św. Franciszka wstąpił stosunkowo niedługo po jego powstaniu. Był jednym z pierwszych polskich franciszkanów konwentualnych prowincji czesko-polskiej. Jego biogram umieszczono w dziele pt. Hagiografia polska. Słownik bio-bibliograficzny pod red. o. Romualda Gustawa OFM (Poznań 1971-72). W historiografii niemieckiej uchodzi za Niemca, czego świadectwem jest umieszczenie jego biogramu w dziele pt. Lexikon der Deutschen Heiligen autorstwa J. Torsy (Kolonia 1959). Około 1239 r. brał udział w pracach nad założeniem w Toruniu pierwszego franciszkańskiego klasztoru. Przyjął święcenia kapłańskie i zasłynął jako dobry kaznodzieja. Spędził w Toruniu wiele lat swego zakonnego życia. Później przeniesiono go do powstałego w 1258 r. klasztoru franciszkańskiego w Chełmnie. W zakonie pełnił funkcje nauczycielskie, ucząc młodszych współbraci teologii. Zakon nadał mu tytuł doktora teologii. Był zakonnikiem gorliwym w zachowaniu reguły i rozmiłowanym w modlitwie. Posiadał dar kontemplacji i doznał łaski przeżyć mistycznych. Wyróżniał się szczególnym nabożeństwem do Matki Bożej i Dzieciątka Jezus. Był kierownikiem duchownym bł. Juty z Chełmży. Z jego osobą, zarówno za jego życia jak i po śmierci, są związane cudowne zjawiska. Świadczą o tym przekazy historyczne.

Zmarł 9 października 1264 r. w Chełmnie i został pochowany w podziemiach miejscowego, franciszkańskiego kościoła pw. św. Jakuba i św. Mikołaja. Dodajmy, że w tym samym kościele spoczął w 1363 r. inny wybitny franciszkanin, bł. Szymon z Torunia. Od razu grób o. Jana stał się miejscem pielgrzymek, a jego osoba została otoczona kultem we właściwym tego słowa rozumieniu. Ludzie żywili przekonanie, że o. Jan był świętym zakonnikiem i że za jego pośrednictwem Bóg wysłucha ich modlitw. Dlatego prosili o. Jana o modlitwę wstawienniczą, zapalali na jego grobie świece, obchodzili kolejne rocznice śmierci… W 1610 r. przybyli do Chełmna protestanccy żeglarze twierdząc, że ukazał się im Jan Łobdowczyk i polecił odbyć pielgrzymkę do swego grobu. W rękopisach z XVII wieku Jan figuruje jako patron Prus. Przypomnijmy, iż w tym czasie Chełmno, Toruń i Łobdowo należały do Prus Królewskich, a te z kolei były jedną z prowincji Rzeczypospolitej. Z tego też powodu w historiografii określano czasami Jana Łobdowczyka jako Jana Prusaka. Po rozbiorach słowo „Prusak” nabrało zupełnie innego znaczenia i stało się najczęściej synonimem niemieckiego protestanta, poddanego króla pruskiego.

Na początku XVII wieku relikwie Jana przeniesiono z grobu do trumienki poniżej tabernakulum wielkiego ołtarza. W październiku 1638 r. biskup chełmiński Jan Lipski ogłosił dekret zezwalający na publiczny kult, coroczną Mszę św. wotywną o Trójcy Świętej ku czci Jana w dniu 9 października oraz na sławienie go w polskich pieśniach. Ufundował też na cześć Łobdowczyka ołtarz z jego wizerunkiem. Obraz namalował Jan Hak. W dniu 10 lutego 1688 r. miało miejsce trzecie podniesienie relikwii. Kult Jana promieniował z Chełmna na Chełmżę i był widoczny w tamtejszej katedrze biskupiej.
Do rozwoju kultu Jana przyczyniła się napisane przez o. Fryderyka Szembeka SJ dzieło pt. Pomoc z nieba na uspokojenie Prus z dawna Polakom od Pana Boga nagotowana czyli żywot bł. Jana Prusaka. Książkę tę wydano w Toruniu aż dwa razy, w 1627 i 1638 r.

W 1755 r., z myślą o beatyfikacji, biskup chełmiński W. S. Leski dokonał kanonicznego rozpoznania relikwii. W latach 1771–1780 szczególnie zabiegano o beatyfikację. Zabiegi te prowadził prokurator zakonu o. Pankracy Kalitowicz. Niestety zostały one zniweczone przez konsekwencje pierwszego rozbioru Rzeczypospolitej. Przypomnijmy, w 1772 r. miał miejsce pierwszy rozbiór w wyniku którego Królestwo Prus zagarnęło Prusy Królewskie.

Kult Jana zanikł wraz z kasatą klasztoru franciszkanów w Chełmnie w 1806 r. Kasaty dokonały władze pruskie. Jego relikwie zostały przeniesione z odebranego franciszkanom kościoła zakonnego do miejscowej fary. Do dziś kult ten nie rozwinął się szerzej, choć o Janie pisali tacy hagiografowie jak żyjący na przełomie XVII i XVIII wieku o. Florian Jaroszewicz OFM Ref. i później tacy wybitni historycy jak ks. Jakub Fankidejski, ks. Stanisław Kujot czy prof. Karol Górski. Dnia 1 maja 1948 r. raz jeszcze uroczyście podniesiono (rozpoznano) relikwie Jana Łobdowczyka. Dokonał tego biskup chełmiński K. J. Kowalski.
Dziś bł. Jan uchodzi za patrona żeglarzy. W ikonografii o. Jan przedstawiany jest w habicie franciszkańskim z księgą w rękach i płonąca świecą. Taki wizerunek można oglądnąć w zakrystii kościoła franciszkanów konwentualnych w Łagiewnikach pod Łodzią.